Der Steinseeigel erreicht Gehäusedurchmesser bis 7 cm. Ventral ist das Gehäuse stets, dorsal selten abgeflacht. Die zahlreichen sehr spitzen Stacheln werden bis zu 3 cm lang und sind sehr variabel gefärbt. Die Färbung reicht von dunkelviolett über bräunlich bis zu grün. Die Ambulacralplatten haben 5 Porenpaare, aus denen entsprechend viele Ambulacralfüßchen ragen, die auf der Oberseite Saugnäpfe tragen. Die Gonaden sind bei Männchen goldgelb gefärbt und bei Weibchen leuchtend rot.